La FE cuenta con comisiones para el apoyo y la gestión de la vida académica y docente de la Facultad de Educación.

• Consejo Asesor de Posgrados en la Facultad de Educación (CAPE) El posgrado en la Facultad de Educación se ha venido consolidando en las dos últimas décadas: el primer programa de Posgrado en Educación inició en la década de los ochenta, y actualmente se cuenta con un Programa Latinoamericano de Doctorado en Educación y con diez Maestrías.
  
• Comisión de Acción Social  La CAS de la FE se establece con un representante de cada unidad académica para optimizar el buen funcionamiento de las actividades de acción social mediante el análisis de las propuestas y los resultados que presenten los docentes.
• Comisión de Investigación  La CI revisa los protocolos de investigación que presenten los profesores de la FE sobre proyectos nuevos de investigación ante la Vicerrectoría de Investigación.
• Comisión de Vínculo Internacional  Esta Comisión busca divulgar actividades académicas de interés y oportunidades de intercambio docente y estudiantil en beneficio de la comunidad académica de la Facultad de Educación.
• Comisión Galardón Ambiental  Esta comisión busca fortalecer una cultura ambiental en el Decanato de la Facultad de Educación que ayude a mejorar la calidad de vida de la comunidad Universitaria y medir el grado de cumplimiento de la gestión ambiental.